Действие происходит в городе Альтомар, столице водного пространства. Главный персонаж Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город. В Альтомаре существует легенда о двух уникальных покемонах, Ратиасе и Ратиосе, которые обладают сильной эмоциональной связью и могут обмениваться чувствами без слов. Эш и его спутники случайно встречают этих покемонов во время своего пребывания в городе.
На Ратиаса и Ратиосу также обращают внимание сёстры Занна и Рион, известные охотницы за покемонами. Они планируют поймать легендарных покемонов, что приводит к конфликту с Эшем и его друзьями, которые пытаются помешать этому. В процессе противостояния раскрывается, что Ратиас и Ратиос связаны с артефактом под названием "Капля души", который обладает потенциалом затопить Альтомар.
Ситуация усложняется, когда на город нападает покемон Деоксис. Сюжет развивается вокруг попыток Эша и его команды защитить Ратиаса и Ратиосу от охотниц, одновременно разгадывая тайну "Капли души" и выясняя причины атаки Деоксиса на Альтомар. Исход событий зависит от действий главных героев и их взаимодействия с легендарными покемонами.