Вселенная Gundam представляет собой связанную хронологию, где события и организации развиваются из общего источника — оригинального сериала Mobile Suit Gundam. Его сюжет рассказывает о конфликте между Земной Федерацией и Княжеством Зион, в котором участвовал молодой пилот Амуро Рэй. Хотя война завершилась победой Федерации, установленный после неё мир оказался непрочным. В результате политических репрессий со стороны специальных сил Федерации, известных как «Титаны», был сформирован антиземной Союз Борцов за Свободу (AEUG).
Основной целью AEUG стало противодействие «Титанам». В состав союза вошли как бывшие пилоты Федерации, так и перебежчики из Зиона. Спустя несколько лет, в 0087 году по универсальному веку, центральным персонажем становится Камил Видан. После задержания ему удаётся бежать, воспользовавшись хаосом во время атаки AEUG на колонию, и захватить экспериментальный мобильный доспех Gundam Mk-II. Однако эта удача оказывается временной, и вскоре Камил попадает в плен к силам AEUG.
Оказавшись среди бывших противников, Камил Видан сталкивается с необходимостью определить свою позицию в продолжающемся конфликте. Его выбор осложняется тем, что стороны конфликта не являются однозначно «своими» или «чужими», а последствия этого выбора затрагивают судьбы близких ему людей. Это заставляет главного героя пересмотреть свои первоначальные убеждения и в конечном итоге принять решение о том, на чьей стороне он будет сражаться.