Медуза не умеет плавать в ночи

Коеми Арараги является учеником старших классов японской школы. В прошлом он был вампиром, но сумел подавить свои инстинкты и теперь скрывает свою природу, ведя жизнь обычного подростка. Его текущая цель — успешно сдать выпускные экзамены. В ходе подготовки он случайно активирует энергетическую воронку в учебном классе.

В результате инцидента в классе вместе с Коеми оказывается его одноклассница, с которой у него есть неразрешенный конфликт из прошлого. К ним присоединяется ученица младших классов Оги Осино, племянница Мэмэ Осино — эксперта по аномальным явлениям. Трое учащихся начинают совместное расследование, чтобы выяснить причину возникновения воронки и способ её устранения.

Параллельно с их расследованием, через образовавшийся разрыв начинают проникать потусторонние сущности. Их появление создает угрозу для обычного мира, что вынуждает Коеми и его спутников не только искать решение первоначальной проблемы, но и противостоять новой нарастающей опасности.