Атри: Мои дорогие моменты

После смерти родителей и бабушки молодой человек по имени Икаруга остается один. В наследство он получает старый корабль и подводную лодку. Поскольку ему теперь необходимо самостоятельно обеспечивать себя, эти активы становятся его основным ресурсом для выживания. Вскоре Икаруга встречает девушку, которая также пытается получить наследство своей покойной бабушки. В ее распоряжении имеется только карта с приблизительными координатами возможного местонахождения сокровища.

Икаруга и девушка отправляются в путь на его корабле, чтобы проверить указанное на карте место. По прибытии они обнаруживают не денежные средства или драгоценности, а старинный гроб, пролежавший, судя по всему, несколько столетий. Приняв решение вскрыть его, они находят внутри существо, внешне напоминающее человека, но с признаками механической конструкции. Это существо представляется как Атри и сообщает, что не помнит ничего о своем прошлом.

Икаруга и его спутница берут на себя задачу помочь Атри восстановить утраченные воспоминания. Этот процесс приводит их к необходимости исследовать различные места и сталкиваться с новыми обстоятельствами. В ходе поисков ответов о происхождении андроида жизнь главных героев претерпевает значительные изменения.